DIY : ADN mitochondrial : en savoir plus sur sa lignée maternelle‏

Quelques infos pour ceux qui seraient pris d’insomnie, je reviens de marivaudage avec dans ma besace quelques outils fort sympas.
Je m’intéresse depuis quelques temps, entre autres choses, aux techniques de ? généalogie génomique ?,
ou plutôt génomique personnelle appliqué à la généalogie (voir conférence de Jason Bobe à La gaîté Lyrique), et,
plus particulièrement à l‘ADN mitochondrial, ce matériel génétique est présent dans les mitochondries, qui sont elles même présentes dans nos cellules, est transmis chez l’Homme par la mère uniquement.
Des sociétés américaines, entre autres, proposent de séquencer tout ou partie de cet ADN  (ADN du client) pour ensuite,
par comparaison avec des marqueurs spécifiques de groupe ethnique, vous indiquer le groupe  auquel appartient votre lignée maternelle. (mère de la mère de la mère etc ….).
Il existe des techniques bioinformatique pour classer votre ADN mitochondrial (une fois que vous les avez, il est possible de faire séquencer votre ADN mitochondrial) dans un groupe, et j’ai donc trainé sur le net pour les trouver.
Là ça se complique, la technique en elle même est simple, bien que je me sois au départ fourvoyé en lançant des calculs de 12 heures inutilement, quand on connait la méthode, c’est relativement simple, ce que je veux dire par là, c’est qu’en expliquant un peu, avec un petit programme, tout quidam serait capable d’avoir son résultat.
Et bien plus …
Les logiciels qui permettent de faire ce test sont soit uniquement en ligne, soit inutilisable, soit il faut envoyer un mail, pour le gus vous envoie un code, patati patata, avec un truc en java lourdingue. La galère, j’ai réussi à trouver un truc qui n’a pas marché du premier coup, avec les commentaires dans le code source en italien, XD, YES! Bon, finalement je m’en suis sortie.
Le second souci est l’absence de base de données publics, l’analyse des génomes mitochondriaux est source de beaucoup d’informations très intéressantes, sur les populations, leurs migrations, les maladies, malheureusement, c’est données sont privatisés très souvent, dans le sens ou elles sont inaccessible à un gus comme moi,il est évident que le biohack ne progressera pas beaucoup tant que la main invisible choisira les portes par lesquels ont doit passer.
Le citoyen à toutes les facilités pour uploader ces données, mais les bases des “séquenceurs” sont elles inexploitables, dommage.
Comparer sont génome avec d’autres personnes peut permettre de retrouver des lontains cousins, malheureusement, les bases ne sont pas mutualisées à cause de la concurrence, donc les clients sont lésés.
Bon, j’ai quand même réussi à avancer, avec ça , je crois bien que l’interface web a été codé par jésus-christ, mais les données sont quand même là en vrac, si on se donne la peine de nettoyer un peu derrière…….
Pour “l’erreur” qu’à commis le programme, il faut savoir que le groupe C est contenu  dans le  groupe M.
Voilà mes résultats sur 5 séquences :
Fragment Sequence Name Predicted Haplogroup N Nph Nph_tot Nph_exp P_Hg
5 résultats bons sur les 5 séquences
  sample                prédit         réel
DQ301792 ====> K1a4b1==>   K  
AY882383  ====> U3a2 ====> U3
AP008644 =====>A5a1a1 ===> A
AF382009 ======>M ====>hug (C) le groupe C est inclu dans M
AY255140 ======>B4d2 =====> B
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