Les Projets en cours pour l’année 2013

Bonjour,

Voici mes projets pour l’année 2013, il y a un lien pour les contacts :

PROJET : Musique protéique
Nom: Protein’n’out
Type: Evenement/Projet
Equipe: Franck Weber, Loïc Lauréote, Gérard Paresys
Description: Protein’n’out est un projet de sonification de séquences protéique
Equipement: Logiciels opensource de visualisation moléculaire et de synthése musicale Puredata.
Locaux: La gaité Lyrique
Realisations : Ateliers au Mac Val et à la Gaité Lyrique ou sur 2 jours, l’atelier a attiré plus d’une centaine de petits curieux.
Détails : “Protein & out” est une oeuvre de médiation scientifique. Elle s’est construite autour d’un design de l’information biologique et de la confrontation de ce système avec celui de la musique (au sens large). Le projet prévoit de sonifier des protéines et intègre un grand nombre de datas : chaîne d’acides aminés, masses, domaines, formes, position dans la cellule. Une autre appréhension de l’information scientifique est possible, elle passe par l’éveil mais également par d’autres canaux médiatiques. Avec le sonore, on engage les visiteurs dans une perception émotionnelle de l’information scientifique complétée par l’apport visuel d’une représentation 3D.
Perspectives : un logiciel complet pour faciliter l’expérimentation par tout un chacun, une composition musical complete avec un set de protéines
Lien :

PROJET : Cellulose bactérienne orienté Objet
Nom:Kombucha K.ulture
Type: Projets en collaboration
Equipe : 3 membres actifs
Description: Production d’objets à partir de cellulose bactérienne
Equipement: matériel de labo, kombucha
Realisations : Echantillons de papier kombucha, , isolation de bactéries productrices de cellulose, premiers objets (récipients).
Détails : La bactérie Acetobacter xylinum ( = Gluconacetobacter xylinus), est un
micro-organisme non-pathogènes qui en proliférant, a la capacité de produire
de la cellulose.On trouve cette bactérie dans le Kombucha, dans les jus de fruits,les fruits, le thé… Mise dans un liquide nutrition, elle transforme le sucre
en une structure de fibres de cellulose. Aujourd’hui, les propriétés de cette
cellulose sont surtout ajustées à un usage médical : greffes de peau artificielle,
courante, remplacement des tissus mous, vaisseaux sanguins artificiels etc..
A l’état humide, elle a une excellente stabilité mécanique, flexibilité et une
très bonne capacité d’absorption.
Perspectives :
L’enjeu serait donc de produire cette matière organique et de la développer pour des
applications de la vie courante.
Lien : http://antenna.sciencemuseum.org.uk/trashfashion/home/wearwithoutwaste/material-desires/biocouture-jacket/

PROJET: Bioréacteur d’algues
Nom:Bioreacteur
Type : Projet en collaboration
Equipe: 4 membres actifs
Description: Bioreacteur d’algues source pour différents projets
Equipement: Matériel de Labo, Culture de base euglena gracilis, pyrocystis lunula
Realisations :Culture euglena gracilis, pyrocystis lunula
Détails :
Euglena gracilis est une micro-algue verte qui a la particularité de transformer l’énergie du soleil via le Co2 et des nutriments, en lipides ; grâce à ces chloroplastes, des organes spécifiques. Ces lipides peuvent être utilisés ensuite comme biodiesel.
Ce modèle peut être utilisé pour des ateliers sur la séquestration du CO2, mais également pour la biorémédiation (traitement des rejets industrielles, agricoles), on sait qu’euglena peut dépolluer les eaux chargées en nitrates par exemple.
Pyrocystis lunula est une autre microalgue qui devient bioluminescente
Elle peut être utilisé (a l’instar d’euglena gracilis) comme indicateur de la qualité de l’eau, puisque que celle-ci influe sur sa bioluminesence, mais aussi pour des performances artistiques lumineuses..
Perspectives :
Nous avons prévu pour la suite le développement de toute un outillage permettant le contrôle du bioréacteurs, pH, luminosité, concentration en nutriment, via une application web (opensource). mais aussi de développer des outils de mesure de la qualité des eaux en utilisant ces organismes.
Lien : http://www.lapaillasse.org/

PROJET:-miniCluster de calcul bioinformatique
nom : miniCluster de calcul bioinformatique
Type : Projet
Equipe: 1 membre
Description:
Equipement: 4 ordinateurs avec un total de 6 cpus
Realisations : 4 machines, bientot accessible via le net
Détails :
Les nouvelles avancées technique en biologie moléculaire ont permis la production d’une quantité massive de données biologiques Le traitement de ces données nécessite une puissance de calcul importante
Les ordinateurs sont mis en réseau et travaillent ensemble pour solutionner des problémes. Le gain en temps est substanciel.
L’utilisation d’un petit cluster permet, de raccourcir la durée de calculs qui sont souvent très long, et possède un aspect pédagogique car il permet a chacun d’appréhender le calcul haute performance (réseau, algorithmique, etc ..).

Perspectives :

Avoir une interface de travail permettant le traitement de grande quantités de données génomiques entre autres.

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